Bioinformatiques HPC

L'ordinateur à rendement élevé Paracel de l’ICRISAT est un faisceau de quatre nœuds couvrant OS de Linux. Chaque nœud contient deux 64-bit, unités centrales de traitement d'AMD Opteron d'une capacité de stockage combinée de 4 x 250 gigaoctets, la RAM 4GB. Le faisceau de Paracel Linux accueille les canalisations (une série de logiciels différents par laquelle des données sont canalisées) et les outils autonomes d'analyse de logiciel concernant la génomique et la génétique comparative des populations. La boîte à outils de génomique inclut maintenant une suite de programmes qui ont été mis en application pour fonctionner en parallèle (sur chacun des quatre nœuds du faisceau). Ces programmes sont utiles pour le marqueur extrayant de grands ensembles de données publiques, l'analyse comparative d'ordre et de phylogénie (http://10.3.6.5/PBSWeb/). La trousse à outils de la génétique des populations inclut une version parallélisée du programme « STRUCTURE » avec les interfaces, le logiciel de visualisation et les outils de conversion de format (http://10.3.6.5/webstructure/login.php)

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